要保护知网查重文件，可以采取多种方法。首先，设置文件权限，确保只有授权人员可以访问和编辑文件。其次，定期备份文件，以防止意外丢失。另外，可以使用加密软件对文件进行加密，增加文件的安全性。此外，定期检查系统漏洞，及时更新系统补丁也是保护文件的有效方法。总之，采取综合措施，可以更好地保护知网查重文件。

除了上述方法，还可以考虑使用防火墙和安全软件来防止恶意攻击和病毒感染。另外，建议定期更改文件访问密码，避免密码泄露导致文件被盗。此外，不要在公共网络上传输重要文件，以免文件被窃取。保持电脑系统和软件的更新也是保护文件的重要一环。综上所述，只有采取多种保护措施，才能有效保护知网查重文件的安全。