知网查重主要针对学术论文等文献进行查重，重点在于检测文献的原创性和学术性，以确保学术不端行为的规避。而本科查重则更侧重于学生的论文、报告等作业，帮助学生检测文档中是否存在抄袭和剽窃现象。两者在使用对象、检测标准和用途上有所不同。

此外，知网查重通常需要购买服务或使用学校提供的账号进行查重操作，而本科查重一般由学校或老师提供相关查重工具或平台。另外，知网查重的结果更加专业和详细，包含文献来源、重复率等信息，而本科查重则更注重学生对查重结果的理解和改正。综上所述，知网查重和本科查重在对象、深度和使用方式上存在一定差异。